Poslije hapšenja Radovana Karadzića, Mladić se nalazi na vrhu liste najtraženijih optuženika Međunarodnog krivičnog suda bivše Jugoslavije i u bjekstvu od 2000. godine. Protiv njega je podignuta optužnica zajedno sa Karayićem u julu 1995. godine, a Haški tribunal je potvrdio drugu optužnicu u novembru iste godine. Sud je u novembru 2002. objavio izmijenjenu optužnicu kojom je obuhvaćen period između 12. maja 1992. i 22. decembra 1996. godine. Optužnica tereti Mladića, na osnovu njegove individualne i nadređene krivične odgovornosti, po 13 tačaka za zločine protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja ratovanja zbog progona, ubistava, deportacije i nehumanog postupanja, terorisanja i uzimanja talaca, u kojima je on navodno učestvovao. Osim toga, on se suočava sa dvije tačke koje ga terete za genocid u Srebrenici u julu 1995. godine. U optužnici se takođe navodi da su od maja 1992. godine snage pod Mladićevom komandom gađale iz snajpera i granatirale grad Sarajevo.